外科是以手术切除、修补为主要治疗手段的科室，包含肛肠外科、普通外科、泌尿外科、男性外科。

1、肛肠外科

肛肠外科主要诊治肛瘘、肛裂、肛周脓肿、肛周湿疣、肛周湿疹、肛乳头肥大、直肠脱垂、直肠息肉、直肠肿瘤等。

2、普通外科

普通外科在医联体汕大附一、汕大附二和汕大肿瘤医院多名专家协助下，可开展多种常见疾病的手术治疗和综合治疗，包括头颈部常见肿瘤切除术、甲状腺癌根治术、乳腺癌根治术、胃癌根治术、肠癌根治术、无痛腋臭根治术等。

3、泌尿外科

诊治项目包含肾结石、输尿管结石、膀胱结石、尿道结石等，主要开展体外冲击波碎石（ESWL），以及经皮肾镜取石、输尿管镜取石、膀胱镜取石等微创手术。

4、男性外科

男性外科主要开展各类常规手术和微创手术，如包皮切割吻合、前列腺电切、尿道下裂手术，诊治各种男性疾病，如：包皮过长、前列腺炎、前列腺增生、尿道炎、睾丸肿块、睾丸鞘膜积液、睾丸炎等疾病。